解散して清算手続きに入った株式会社に債務超過の疑いがあり清算の遂行に支障をきたす恐れがある場合において、裁判所の監督下で清算業務を行います。
破産法で定める破産は、債務者の全財産を平等に債権者に配分することになりますが、特別清算では債権者の多数決で分配額を決定します。

特別清算では、破産手続きと異なり、破産管財人などは選任されません。債権調査や債権確定の手続きがなく、原則として清算人がそのまま清算手続きを行うことが出来ます。よって、手続きを迅速に簡易的に進めることが出来ます。

特別清算のメリットは株主総会で選任された清算人が財産の処分を行なうことが出来るため、破産手続きと違って企業の経営者や株主が清算に大きく関与することが出来ます。

さらに、特別清算は、破産と同様の手続きにあるにも関わらず、一般的に「倒産した」とは見られないことが多いと言われています。